公元1402年，燕王朱棣起兵攻入应天府，建文一朝官员被屠戮殆尽。御史大夫景清将女儿若微和蔓茵托付给副将孙愚，小女儿蔓茵被人流冲走幸好被朱瞻基所救。蔓茵被交给胡尚仪抚养改名为胡善祥，孙愚带着若微走上了逃亡之路。十年后，孙愚和孙若微前来刺杀远征回城的朱棣，结果刺杀失败。朱瞻基奉命全城搜捕刺客，他伪装成锦衣卫并发现孙若微藏的弩箭，朱瞻基以此威胁孙若微次日去秦淮河饮茶。

太子和汉王为彻查靖难遗孤争吵不休，皇上口谕命太子交上奏折军报，太子不被信任竟然嚎啕大哭。靖难遗孤的领袖皇爷给孙若微一把钥匙，并让其赴约杀死扮成锦衣卫的朱瞻基。秦淮河上，孙若微并不想杀朱瞻基，准备好的毒酒也被发现，朱瞻基却打赌拉着孙若微去个神秘地方。太子卸任监国之任，他还请辞不再当太子惹得龙颜大怒。朱瞻基违规带孙若微来诏狱寻人，汉王突然出现，孙若微带的钥匙居然可以打开诏狱大门。

朱瞻基逃出诏狱对孙若微的身份更是怀疑，孙若微不经意间看到朱棣赏给太子的猛虎图，她居然猜出书画的深意并允诺帮朱瞻基题词。朱棣对太子请辞十分恼怒，当他看到猛虎图的题词顿时感动泪流。朱棣在鸡鸣寺召见百官，他宣布太子之位已定。朱棣看出题词是朱瞻基所写便想赏赐，朱瞻基提出婚事要自己做主。孙愚要孙若微离开京城，朱瞻基却阻拦带孙若微去马场射箭。朱瞻基试探完孙若微的身手又将其带到诏狱。

朱瞻基带孙若微来到诏狱最深处的天牢，他瞬间变脸质问孙若微身份，孙若微不承认被关在天牢之中。朱棣从靖难后就经常做噩梦，他害怕建文会卷土重来。孙若微在天牢被哭喊声折磨又淋雨导致发烧，朱瞻基心疼帮其治疗并答应救出靖难遗孤。朱瞻基帮孙若微救人实则是审问，他要帮朱棣查出建文下落。汉王装病一直没能就藩，朱瞻基前去试探令汉王起疑。汉王这边早与赵王合谋准备起兵，两人急忙出城商议攻城逼朱棣让位。

赵王查验火药库被圣旨阻拦，汉王带兵换防却遇见朱瞻基，殊不知朱棣早已知悉并在城楼冷眼旁观，汉王知道事迹败露无奈放弃。诏狱这边，朱瞻基命洋人火枪手将靖难遗孤和孙若微一同救出。汉王和赵王被送进天牢，太子却舍命力谏保住两个弟弟。孙若微逃出后质问皇爷刺杀朱棣明知是圈套却为何仍要进行，她对皇爷产生怀疑。朱瞻基向赵王坦白自己放走囚犯是有皇帝密令，赵王也无可奈何。

朱瞻基把孙若微介绍给姚广孝，姚广孝为孙若微摸骨称她有帝王之相。孙若微知道姚广孝就是鼓动朱棣造反的罪魁祸首，她前去刺杀却被赶来的朱瞻基打乱计划。朱瞻基询问白天摸骨一事，噩梦惊醒的朱棣却突然前来，姚广孝解梦称朱家兄弟会杀戮不止。朱棣急忙召集三儿子和孙子，他让四人发誓不准自相残杀。太子妃为太孙选秀女，胡善祥羡慕也想参选却惹怒了胡尚仪。

胡善祥求太子安排自己参加选秀，太子无奈称选秀女由朱瞻基自己做主。三兄弟为阿鲁台袭击辽东的事吵得不可开交，朱棣无奈之际看到送食的朴妃顿时有了再生龙子之意。朱瞻基时常带孙若微练习射箭终于试出她的身手，孙若微持弓对准朱瞻基一通乱射，原来箭头已经被替换。孙若微被朱瞻基乘车押走，徐滨趁机将朱瞻基劫持。朱瞻基被囚禁仍泰然自若，他告诉孙若微自己被劫持只是苦肉计而已。

孙若微心中大惊，出门发现周围已被锦衣卫围住，朱瞻基其实是在等皇爷。原来汉王就是皇爷，他在半路上识破朱瞻基的计划，锦衣卫突然杀出，汉王奋力自保杀了几个锦衣卫并发现大内令牌，他这才发现朱棣是幕后主使。朱瞻基担心孙若微被灭口，便将其带入宫中。郑和第三次远航归来，沿途各国都派来了使臣，朱棣在乾清宫为郑和接风并接见各国使者。

阿丹国内乱还导致大明使臣被杀，朱棣恼怒要为阿丹国公主主持公道。孙若微进了太子府，太子妃和朱棣都有所听闻，朱棣要求见一见这个太孙亲自挑选的人。朱瞻基一时不知如何是好，他用徐滨等人做人质威胁孙若微配合去见皇上。晚上朱棣宴请各国使节，孙若微站在朱棣身旁表达观点深得朱棣喜爱。几发弩箭突然向朱棣射来，孙若微为朱棣挡下致命一箭。

宴席上遭遇刺杀惹得朱棣暴怒，他迁怒与三子并要求彻查此案。孙若微重伤，朱瞻基心急如焚日夜守候。朱棣怀疑太子谋权篡位，命锦衣卫调查太子府属官并让汉王代为监国。朱棣来看望孙若微，朱瞻基为父求情并知晓朱棣让汉王监国的真正目的。汉王着手监国第一个任务就是扩充军备，国库不足，汉王要求三皇子各拿出一万两来补足空缺。

徐滨见孙若微受伤怒不可遏，孙若微醒来恳请朱瞻基放走其他靖难遗孤，结果却传来赵王将人带走的消息。朱瞻基带徐滨找赵王要人，朱瞻基苦劝无果，赵王听完徐滨的耳语之后最终放人。太子问太子妃要钱被拒，居然当街摆地摊卖家具凑钱。朱瞻基请孙愚等人帮忙牵线搭桥，让他见建文一面，承诺事成之后就赦免靖难遗孤。赵王带锦衣卫包围古玩店，徐滨、孙愚、聂兴三人和锦衣卫一番苦战最后被擒。

朱瞻基和孙若微相互聊起往事，俩人似有心心相惜之意。朱瞻基知道古玩店被清剿想去见朱棣，结果被锦衣卫拦下并收走了御前行走的腰牌。赵王嘲笑太子当街卖家具朱瞻基大为恼火，他急忙回家责备父亲反而被一番开导。朱棣多次来看望孙若微，他敞开心扉表示对靖难之役心存愧疚。汉王想带走靖难遗孤，赵王为自证清白当即拒绝。朱瞻基没了腰牌也没法查案，但他许诺会帮孙若微查出徐滨下落。

孙若微身体渐渐恢复，朱棣提出要给赏赐，孙若微请求赦免三万靖难遗孤。朱棣答应孙若微，如果能让他见到建文就可赦免。皇甫坐车出行被人劫持，原来是朱瞻基和孙若微所为，他们威胁皇甫让其给汉王传递消息。汉王接到消息赶到诏狱，正看到赵王逼问安南人宫里的内应是不是汉王，汉王大怒威胁赵王。朴妃得皇帝临幸请了喜脉，胡善祥在宫中记录朴妃饮食，朴妃心情不悦就拿胡善祥撒气。

朱瞻基将徐滨等人接回古玩店，两人商议朱棣和建文见面事宜，朱瞻基以人头担保会护住建文的安全，徐滨这才同意。聂兴一心想要报仇，反对同朱瞻基交易和孙若微吵得不可开交。朱瞻基带徐滨见朱棣，朱棣授予徐滨官职，并约定在灵山佛塔与建文见面。朴妃在宫中失踪，急坏了太子妃和胡尚仪，众人彻夜寻找不见踪迹，胡尚仪面临生死危机，胡善祥挺身而出，愿意自杀代替朴妃的尸首让太子妃交差。

朴妃找到了，胡善祥得太子妃赏识，封了个小官。胡善祥拜别胡尚仪，领旨接命。朱瞻基回府，正碰上在等他的太子，朱瞻基把朱棣和建文见面之事告诉了太子，太子大惊，担心皇帝有可能会不顾朱瞻基性命杀死建文，急忙拉着朱瞻基进宫面圣。朱棣猜到太子来意于是大发雷霆，太子依然面不改色劝谏朱棣，朱瞻基怕得要命，低头跪在一旁，朱棣最终一言不发的走了。

胡善祥当上女官吃酒庆贺，宫女们纷纷来敬酒。灵山周围，已经被神机营层层包围，朱棣和孙若微进了灵山佛塔。朱棣确认了建文的身份，让孙若微转告建文，想尊崇他做太上皇。建文拒绝了朱棣，并把传国玉玺交给朱棣让他安心。朱棣不放心，闯到塔顶想要杀死建文永绝后患，孙若微见他竟然不管朱瞻基的生死，于是对着朱棣大声呵斥。

徐滨告诉朱瞻基两位皇帝都已安全离开，朱瞻基突然抽出佩剑，抵在徐滨的脖子上，两人在山顶斗起剑来。朱棣回宫遇到刺杀，孙若微抄起弓箭射了过去，刺客中箭。孙若微走近一看，才发现是聂兴，聂兴误会了孙若微，将她推倒在地，孙若微胸前的剑伤开裂昏了过去。汉王收到朱棣去见建文的消息，明白了朱棣让他监国的原因便去找太子抱怨。朱棣回宫让太子重新监国，命汉王随他出征瓦剌。

胡善祥负责照顾孙若微的起居，两人谈起身世，终于确认对方就是自己靖难失散的姐妹。胡善祥告诉孙若微她要选秀女，嫁给太孙生子便会有一半的天下。朱棣的旧臣听闻朱棣要赦免靖难遗孤，纷纷来阻止，朱棣无奈，拉朱瞻基过来抵挡。大臣们走后，朱棣问朱瞻基要孙若微的生辰八字，他要将其接进宫并给徐滨安排个官做。朱棣告诉朱瞻基，知道他见建文一事内情的人一个都不能走。

朱瞻基找到孙愚，和他一起编造孙若微的身世。孙愚拿着编造好的身世来找孙若微，把纸条递给她。孙若微没想到孙愚也想让她进宫，拿过纸条和孙愚赌气。孙若微身世唯一的漏洞就是孙愚，为了孙若微一生无忧，孙愚自己饮下了毒酒。孙若微在房间里生闷气，打开纸条越看越觉得不对劲，心中升起了不详的预感，扔下纸条冲向孙愚的房间。

埋葬了孙愚，孙若微守灵三月，她决定遵循孙愚的愿望，随朱瞻基进宫。太子多年攒下的俸禄，被妻弟张克俭做生意赔了个精光，太子追着张克俭满院子打。太子妃和胡尚仪合计太孙大婚用度，太子妃有意让胡善祥选秀女，被胡尚仪婉拒。胡善祥听说了胡尚仪在太子妃面前阻止她选秀女的事情，于是来到尚衣局找胡尚仪说明心意，胡尚仪见她心意已决，只能由得她去了。