迈克尔-斯科菲尔德(MichaelScofield)终于逃出了索纳(Sona)监狱，他随即展开了一场复仇行动。在剧中，他给某人写了一封信，在信 中他警告说他将会让公司(TheCompany)为他们的所作所为付出代价。“今天就是你们的祭日，”斯科菲尔德在信中写到。在洛杉矶，他眼见着格雷奇 恩(Gretchen)和惠斯勒(Whistler)从一辆由马洪(Mahone)驾驶的豪华轿车中钻出来，并且进入了罗斯福饭店。在乔装打扮成一个侍者 后，迈克尔走向了这群夺走了他一切的混蛋们。随后，惠斯勒跟一个男人做了笔5千万美元的买卖，而买卖的对象则是一枚对公司有着非比寻常价值的计算机存储 卡，拿到卡以后惠斯勒便杀了可怜的卖方。在惠斯勒正准备逃走之际，一直尾随的迈克尔出面制服了他。在格雷奇恩进来查看到底发生了什么的时候迈克尔用枪瞄准 了她，她告诉他说萨拉(Sara)仍然活着。在警察赶到的时候，三个人跑出了旅店。但是在迈克尔问出萨拉下落之前其他俩人却早已逃之夭夭了。格雷奇恩与她 的一名上司在沙漠中会面了，他告诉她说这枚存储卡其实是个复制品。他从车上招来了杀手怀亚特(Wyatt)，但格雷奇恩随即跟他做了笔交易保全了她的小 命。迈克尔打来电话的时候林肯(Lincoln)，索菲亚(Sofia)，和LJ三人依然在巴拿马。林肯告诉迈克尔说索纳监狱在一场骚乱之中给烧成了平 地。T-Bag,苏克雷(Sucre)，和贝里克(Bellick)三人下落不明。迈克尔拒绝跟他的亲人见面，因为他得找出关于萨拉的真相。迈克尔接到 一条来自Goldfinch.net的信息，对方称他知道有关萨拉的事情。当他赶到会面地点的时候，他发现这个人其实是马洪，而事实上则是惠斯勒想跟迈克 尔谈点事。惠斯勒让迈克尔潜入一个安保措施严密的地点并且帮他搞到那张存储卡的原件。马洪说格雷奇恩已经死了，惠斯勒对迈克尔说萨拉现在在芝加哥并且身处 险境。这时怀亚特现身了，并且冲着正在说话的惠斯勒的脑门送了颗子弹。在迈克尔和马洪寻找掩体的时候，怀亚特从惠斯勒的口袋里搜出了那张存储卡。T- Bag在睡过了Lechero的前女友，也就是索纳监狱里的“修女”之后便去投奔迈克尔了。同时，身处巴拿马的三人众在一条小巷内被一位疑似来自公司的男 人给截住了。林肯一马当先出手撂倒了他，随后警察出现了，林肯随即投降而另外两人跑走了。另一方面，怀亚特闯入了马洪的家并且挟持了他的妻子潘 (Pam)，逼迫她说出他想要知道的事情。迈克尔准备打电话找萨拉的时候却被认出他的警察打断了。在警察局，他见到了国家安全局的特工唐-塞尔夫 (DonSelf)，他许诺在迈克尔拿到公司的存储卡之后会给他自由，因为这张卡里有着公司不可告人的内幕。马洪回到家的时候却被警察拦在门口，警察告 诉他说如果他进去了，他一定会后悔的。不用说，潘的死相一定异常凄惨。苏克雷和贝里克在一家医院被警察逮到，当时苏克雷正见他女儿第一面。唐让迈克尔召集 他所需的人手以便能完成这项行动，于是林肯，苏克雷，贝里克和马洪又跟他见面了。当众人正准备商讨有关行动的细节的时候，唐又告诉大家说布鲁斯-本内特 (BruceBennett)保释了所有人。他将迈克尔引到了萨拉所在之处，两人立马干柴烈火地激情拥抱。在单独相处的时候，她给迈克尔看了她在公司遭 受折磨时留下的疤痕，两人正准备你侬我侬之时怀亚特又不识时务地持枪冲入了他们的房间。在逃跑的过程中他们落下了林肯。随后迈克尔给唐打电话说他们同意做 这单生意。看起来他们跟公司的恩恩怨怨又要纠葛不清了。

迈克尔(Michael)和林肯(Lincoln)又和马洪(Mahone)，贝里克(Bellick)，苏克雷(Sucre)等人重聚了。不幸的是，他 们所需的那本惠斯勒的鸟类图书却在T-Bag的手里。迈克尔决定做手术去除身上的纹身，而且他拒绝使用任何的镇痛剂。第二天，安全局的特工唐给迈克尔和众 人详细讲了他们需要做的事情，在完成任务之后所有人都会予以自由，不过如果有任何一个人想开溜的话，所有人除了空手而归之外还得面临死刑。所以每个人都带 上了一个脚环监视器，这样唐和政府就能时刻监视所有人的动向了。随后迈克尔鼓励大家忘掉过去并且同心协力完成这项任务。而落单的T-Bag就没那么幸运 了，他独自游荡在墨西哥的沙漠中。既没有水也没有食物的T-Bag想要去美国找迈克尔可谓是希望渺茫。而另一边，迈克尔和他的小组找到了公司的总部，然而 那里防卫森严。就在众人愁眉苦脸的时候罗兰(Roland)加入了队伍，毕竟他能用一个自己发明的无线装置搞到任何人的身份证，信用卡密码和电脑信息。为 了接近目标，苏克雷开车撞上了一个公司的成员，但罗兰依然搜索不到任何信号。最终还是唐逮到了一名曾为公司做事的人并且得知了储存卡解码器的所在。萨拉向 迈克尔解释说这个存储卡的名字斯库拉(Scylla)是来源于荷马所写的《奥德赛》(TheOdyssey)里的一种海妖，书中的主角奥德修斯 (Odyssius)必须牺牲他的六个同伴才能达到目标。T-Bag这是也时来运转了，他搭上了去圣地亚哥的顺风车。在一个公司的女成员的包包内放入了追 踪器之后，罗兰终于能够弄到公司内部图书馆的信息了。随后贝里克假装抢包，然而当马洪抓住他的时候，追踪器也不见了。杀手怀亚特发现迈克尔和林肯在被捕后 并没有入狱，反而被布鲁斯-本内特(BruceBennett)保释了，于是迈克尔等人的威胁又加重了几分。迈克尔意识到他必须进到公司内部取回罗兰的 装置。于是他们进入了公司内部，没有任何悬念地成功取出了罗兰的装置。怀亚特追上了布鲁斯并且用一枚针戳进了他的脖子。而迈克尔这边的罗兰在解码的时候出 了纰漏结果导致存储卡自动加密，最终他们只弄到了一点点有用的信息。在这一集的末尾，格雷奇恩并没有死，不过也仅仅只是没死而已。公司将她绑在一个椅子 上，很明显，她即将遭到非人的虐待。

从寻找一张卡变为需要凑齐六张卡，事态的发展超乎迈克尔等人的预料，而唐-塞尔夫探员也只给他们一天时间来寻找下一个持卡人。从上次罗兰找到的邮件和其他 信息中，众人破译出一个重要的信息：4点时，下一个持卡人将会出现并且和第一个持卡人德克斯霍恩(Tuxhorn)接头。但是接头的地点和时间需要从另外 一些信件破译，众人需要到安纳海姆的邮件服务器主机去寻找这些邮件。另外一方面，组织也在寻找迈克尔等人的踪影，杀手怀亚特(Wyatt)抓住了贝内特， 并且用吐真剂逼他说出了莎拉现在在洛杉矶的信息。而由于事态发展的变化，国土安全局也临时取消了这项计划，塞尔夫被迫要把众人送回监狱。落单的苏克雷和贝 里克首先落网，而危急时刻苏克雷成功的发出了警告讯息。迈克尔等人巧妙的得到了邮件，他们一边要逃避追捕，一边要去寻找新的线索。他们得到的两封邮件分别 关于壮阳药和星座，而迈克尔想到了把两封信重叠在一起看，最终破译了这些密码：新港海滩的发电厂。最终在全部落网前的一刻，迈克尔成功抓拍到了持卡人的会 面，并且以此为条件换取更多的时间。与此同时，T-Bag利用鸟类百科全书中的讯息，找到了威斯勒留下的一些物品。他寻迹而去，找到了威斯勒的一处神秘住 所，并且逐渐发现一些蛛丝马迹.....

苏克雷(Sucre)带着一名斯库拉存储卡拥有者的一张车牌号照片找到了迈克尔(Michael)。罗兰(Roland)查出这个人名叫埃罗-塔巴克 (ErolTabak)，来自土耳其。迈克尔于是开始设计逮到他。当他们找到他以后，迈克尔发现存储卡其实在埃罗妻子的手里。萨拉(Sara)随后接到 了唐-塞尔夫(DonSelf)的一通电话。电话中她得知她的朋友布鲁斯-本内特(BruceBennett)于昨晚被谋杀。当迈克尔，苏克雷，马洪 (Mahone)和林肯(Lincoln)等候埃罗的老婆时，他们在街对面发现了T-Bag并随即追赶他。迈克尔和林肯逮到他之后却悲哀的发现警察也盯上 了他们。于是他们四散而去，T-Bag也趁机溜走了。怀亚特(Wyatt)到达纽约之后就开始寻找萨拉。他接到了公司高层的电话，并被告知他要活捉萨拉和 格雷琴(Gretchen)。T-Bag来到了大门公司(GateCorporation)并装扮成科尔-费福尔(ColePfeiffer)也就是 惠斯勒(Whistler)的样子捞钱。唐给迈克尔打了个电话，警告他说怀亚特跟布鲁斯接触之后，公司很可能知道他现在在哪。电脑专家罗兰 (Roland)此时也找到了埃罗老婆丽莎(Lisa)的资料，而且得知她将会参加一个名为“老鹰与天使”的活动。马洪解释说这是警察局官员们的一个活 动，所以他们找到她的唯一办法就是在洛杉矶一半警察的簇拥下接近她。另一方面，T-Bag发现一切计划就如同惠斯勒的鸟类图书中所说的那样有条不紊的进行 着。在无人监管的情况下，萨拉在一家当地酒吧叫了一杯苏打水。几分钟之后，背负着太多太多的她不知不觉的喝醉了。唐发现在怀亚特从电梯中逃出后杀死了一名 自己的手下。迈克尔，林肯和马洪乔装为警队官员并混入了“老鹰和天使”的活动。在活动里默哀的环节中，迈克尔和林肯俩兄弟想到了他们的父亲而马洪则想到了 他的儿子。正当罗兰要搞到丽莎的资料的时候，她却接到一个让她离开活动的电话。而林肯也被一名丽莎的手下认出。当林肯被那位警察盘问的时候，贝里克 (Bellick)刺杀了警察。林肯立即给迈克尔打了个电话让他小心，迈克尔告诉他几分钟之后见面。怀亚特找到了格雷琴所在的公寓。正当他要施暴的时候他 却得知本内特的信用卡刚刚在一个酒吧消费。怀亚特立刻赶到酒吧并且询问酒保是否见过萨拉，但是酒保欺骗了他。罗兰告诉迈克尔说他弄到了第二枚斯库拉存储卡 的内容，于是所有人在一个仓库里集合了。唐见到迈克尔之后说他在公司的一个卧底死了，林肯感谢贝里克救下了他的妻子，而马洪则请求罗兰帮他找到杀死他儿子 的真凶。怀亚特追踪到了正在跟迈克尔打电话的萨拉，于是跟着她来到了他们藏身的仓库，一场好戏即将上演。

迈克尔和林肯潜入了看守严密的财政部，成功的复制了第三张卡。将军命令所有持卡人要将卡片随时放在身边。迈克尔突然流鼻血，让林肯很担心他的健康。苏克雷和巴里克找到了T-bag，而格蕾琴从怀亚特的囚禁中逃出。马洪此时正酝酿着为儿子报仇。

迈克尔等人到赛马场追踪下一张卡，但在这次行动中马洪被捕了，而复制了信息的设备就在马洪身上。谢尔夫利用手段拿回了马洪身上的设备，却将他留在看守所不管。利用审讯的机会，迈克尔等人救出了马洪，并逃过了怀亚特的追杀。与此同时，T-bag化名为销售人员科尔-派弗开始在Gate公司内部进行调查。

林肯一行来到拉斯维加斯寻找第五张卡，苏克雷牺牲自己做持卡人老婆的男伴才复制了信息，但罗兰的设备却被赌场没收了。莎拉发现迈克尔患了脑瘤，据说迈克尔老妈就是死于这种疾病。为了共同的利益，格蕾琴和T-bag开始在Gate并肩作战，他们绑架了迈克尔和巴里克，要求他们一起破解《观鸟指南》的秘密。他们发现Gate公司有个神秘房间。马洪救出了迈克尔和巴里克，并抓到了T-bag，但格蕾琴却打来威胁电话。

会有关于Sara的巴拿马酷刑监狱的闪回。一个警卫给了她一把钥匙，后来那人被Gretchen射杀了。ETA：闪回中的闪光点就是Sara致力于救助被枪伤的Sucre。在闪回中Sara试图去救助某个我们看不见的人的生命。她可能就是给Sara钥匙的女警卫。在现实中，Sara和Gretchen见面了。

擒住怀亚特，迈克尔等人威胁他骗将军众人已死。马洪折磨并杀掉了怀亚特，总算为儿子报了仇。为获得最后一张卡，格蕾琴去找将军，希望以往的旧情能起作用。迈克尔计划从Gate的神秘房间挖管道进入“公司”，此时他的病情越来越严重。在打通水管制造通道时，巴里克为了大家牺牲了自己的性命，最终被水冲走。

Mahone想要找杀他老婆孩子的人报仇，越到后面，他跟Michael之间的虽然会有分歧，但是默契会越来越好。似乎还有什么会让林肯跟Mahone之间的关系更接近Sarah因为那些痛苦的经历，会重新染上毒瘾，而且性格会发生一些变化，以后会渐渐有她的回忆，里面有提及到有人帮助她逃出来，但是那人被Gretchen杀了。Maricruz可能会出现。LJ不会加入这次的行动。Kellerman不能再出现。Sofia不会有很多的出现机会Gretchen没有死，她会杀死守卫，逃出来，住在她姐姐家，而且她还有一个孩子。据说Padman是公司权利最大的人，所以他们一群人都在找他。他们盯上另一个有Scylla的人，那个人结婚了，他们让Sucre去陷害他，结果那人居然找Sucre跟他老婆上床，因为他自己不举。Michael晕倒了，去医院检查，似乎得了什么病，具体是什么，没有交代。这一季还有间断出现Michael和他妈妈的事情。还有他小时候的经历，并且交代他为什么能够那么聪明。T-BagandGretchen会走得很近。因为T-Bag想找Michael复仇，所以帮助Michael他们的可能性很校最后所有的人都会齐集美国，解决这一切的恩怨。

Michael他们进入scyllaroom，在该集中那个冯先生，也就是会说中文的华人，他们用12.5亿美金，现金噢，购买scylla，手下问冯先生，scylla值12.5亿美金吗？冯先生说，scylla值两倍这个数，我们要么用钱去得到它，要么用杀人去得到它。Michael在进入scyllaroom的电梯时，将军从监视器上发现了。这季后面的很多内容，都是很压抑的。尤其是Michael他们被Self出卖，被追踪时，Michael最后看一眼远处的Sara,剧本描写说，那一眼像是在告别。还记得那个威胁DonSelf的那个特工，是DonSelf的上司的那个，他在某一集（第九或第十集）中用枪指着Michael，说他要counttothree，如果Michael还不跟他达成协议的话，就开枪。还记得Self后来越过那个上司，直接跟一个Dallows议员通话，这个议员及时赶到，手下FBI一枪崩了Self的那个上司。这个议员告诉Michael，从此后，他们谁都不能相信。Michael问“那么你呢”，议员说，“你必须相信我”。然后议员告诉Michael,DonSelf拿走的六张卡的内容还有一些遗漏了，落在他手里，这是他唯一能提供给Michael的东西。然后他就坐上飞机走了。

T-Bag在Emily面前，Rita的感召下，又想到了以前他所爱的Susan一家，最终还是没有杀掉她们两个，而是把她们放了。但他又绑架了一个上门来推销圣经的推销员.那个圣经推销员叫Ralph，T-Bag看见他戴的戒指，告诉Rita,这个人是公司的。Michael被将军抓住后，他又开始流鼻血了并且昏倒了。将军在看他的CT扫描结果，将军的医生告诉将军，病人的耳垂附近的大脑里有恶性瘤，如果不切除，有死亡危险。将军问医生，以前是否遇到过这样的病例，医生说，“ONCE”。将军正准备说话，手下报告说，Lincoln求见。Lincoln请求要看看他的弟弟。

原来谢尔夫耍了所有人，他利用国家安全局的身份让迈克尔和林肯等人为他卖命，只是为了得到Scylla然后卖个大价钱，现在众人不得不继续逃亡。为了找到买家，谢尔夫囚禁了格蕾琴的女儿。在与买家交易时，谢尔夫发现有一小部分Scylla不见了，迈克尔早已偷偷将它藏了起来。

谢尔夫到处寻找着丢失的部分，T-bag负责看守格蕾琴的女儿和妹妹，却被一个“公司”伪装的杀手擒获，但他放走了格蕾琴的女儿和妹妹。迈克尔从谢尔夫处夺回Scylla，但在逃亡的过程中他脑瘤病发，最终被“公司”抓到，而Scylla也再一次被谢尔夫偷走。为了救迈克尔，林肯同意加入“公司”并找回Scylla。

在公司的胁迫下，林肯与苏克雷等合作开始寻找Scylla。在交易的过程中，卖家打伤了谢尔夫并抢走了Scylla，林肯与苏克雷擒获了格蕾琴与谢尔夫。公司派医生为迈克尔做脑手术，昏迷中DBCooper闪现在他面前，迈克尔悟出了Scylla真实价值。手术成功了，醒来后迈克尔告诉莎拉Scylla是一套先进完善的太阳能利用装置。迈克尔知道林肯加入“公司”的事，随后又发现自己的母亲原来也是“公司”的一员。

林肯、格蕾琴、谢尔夫和T-bag来到迈阿密寻找Scylla，随后马洪也加入进来。格蕾琴发现买家就是“公司”的人，而且已经背叛了“公司”。在与卖家的激战中，格蕾琴中枪被留给了警察。此时迈克尔已经被“公司”囚禁并洗脑，希望他能为“公司”服务。迈克尔被告知自己的母亲克里斯蒂娜还活着，并且一直为“公司”工作。林肯与获得Scylla的人接通了电话，他不知道这个人正是自己的母亲。

Michael接到神秘电话，限其12小时之内收集全部6块Scylla换取sara的性命。Michael面临背叛亲情与背叛爱情的抉择。场景：Michael和Sara在逃亡，与此同时Lincoln在联系那个他相信是其母亲的人。

场景：Michael迫使一家小型私人飞机在去掉信号灯后降落，并把枪指向了空中协管员。一个狙击手试图射杀Mahone。当 Lincoln试图从被刺伤的狙击手处获取信息时被他逃脱了。当狙击手跑进交通要道时就被杀害了。Sara和Michael把一个名叫 ColinPetrovsky的人拽进了他们的车里，问他关于一个叫SamanthaRichmond的人的事。Petrovsky以为他被绑架了， 但很快就发现Michael和Sara并不是冲着钱来的。就在这时一辆SUV很快接近他们的车。他反复说道他不知道谁是Samantha，他只是一个来镇 上参加会议的老师。SUV里突然有人拿出一把枪射向Michael和Sara的车并引发车祸。T-Bag被一个警察打伤了。片场：Michael，Sara，Lincoln，Mahone，T-Bag，Self与两个名叫Christina和Downey的人。第一幕：Mahone来了，不是Linc。Michael不敢相信Mahone还会为公司工作。

迈克尔囚禁了自己的母亲希望获得更多信息，但克里斯蒂娜却告诉他林肯不是他的亲生兄弟。T-bag向“公司”泄露了众人的秘密，希望在将军面前获得一席之地。将军从教授口中逼出了克里斯蒂娜的秘密。印度首相之子出席高科技展会，却遭到枪杀。

DonSelf，T-Bag，猫女依旧在追踪Michael，想夺回Scylla，而且越追越近；Lincoln打电话给Michael，告知LJ被 将军绑架，他们的目的和绑架SARA的那伙人一样，同样想得到全部的Scylla，并且定下最后交易期限。Michael听到后痛苦不堪，Lincoln 不忍试探Michael的决定。是救SARA还是救LJ。